Polsko-litewskie zwycięstwo pod Grunwaldem w 1410 roku nie rozwiązało problemów, których źródłem był Zakon Krzyżacki. Choć jego militarna potęga została definitywnie złamana, nadal posiadał część polskich ziem i kontrolował ujście Wisły, co poważnie upośledzało polską gospodarkę. Polityka wewnętrzna Zakonu spowodowała powstanie opozycji stworzonej przez mieszczan i świeckich rycerzy, którzy zorganizowali się w Związek Pruski. Jego rebelia przeciw Zakonowi w 1454 roku zapoczątkowała wyczerpującą polsko-krzyżacką wojnę trzynastoletnią.
Jej finałem był korzystny dla Królestwa Polskiego II pokój toruński z 1466 roku, w którym odzyskało ziemię chełmińską i Pomorze Gdańskie oraz uzyskało część Prus (Malbork, Elbląg, Pasłęk i Warmię). Pozostała część państwa zakonnego, którego stolicą stał się Królewiec, miała być lennem Polski. Tę niekorzystną dla Krzyżaków zależność osłabiło niezatwierdzenie traktatu pokojowego przez papieża. Niekorzystną dla Polski okolicznością była z kolei praktyka Zakonu, by na wielkich mistrzów wybierać rycerzy niemieckich, którzy jako wasale cesarscy, powołujący się na zasadę, że jeden sługa nie może mieć dwóch panów, odmawiali składania hołdu lennego polskiemu królowi. Ta sytuacja miała miejsce za rządów Fryderyka Saskiego (1498-1510) i Albrechta von Hohenzollerna (1511-1525).
Ten (nomen omen) ostatni, mimo że Zygmunt Stary był jego wujem, knuł intrygi i budował antypolski sojusz z udziałem Moskwy, Brandenburgii i Habsburgów. Rodzinny spór wuja z siostrzeńcem wpisywał się w większy konflikt o dominację w Europie, między Jagiellonami a Habsburgami. Jego kompromisowym rozwiązaniem był układ wiedeński z 1515 roku, przypieczętowany dwoma ślubami między przedstawicielami obu dynastii, który zneutralizował zagrożenie niemieckie.
Kiedy w Wiedniu zawierano sojusz Jagiellonów z Habsburgami, od trzech lat trwała wojna Litwy i Polski z Moskwą. Albrecht, choć był lennikiem, nie udzielił pomocy swemu suzerenowi Zygmuntowi Staremu, popełniając felonię. Co więcej, w 1517 roku zawarł przymierze z Wasylem III, który zobowiązał się do sfinansowania Zakonowi 12-tysięcznej armii i wspólnego ataku na Polskę. Ostateczną miarą krzyżackiej hucpy było żądanie wielkiego mistrza zwrotu przez Polskę Prus Królewskich i Warmii oraz zapłaty odszkodowania za 50 lat okupacji. Działania te wywołały, jedną z niewielu w naszych dziejach, wojnę prewencyjną przeciw Zakonowi, którą uchwalił sejm w 1519 roku.
Walki toczyły się ze zmiennym szczęściem przez dwa lata na terenie Prus Krzyżackich i przyległych obszarów Królestwa Polskiego. Strona polska nie osiągnęła zdecydowanej przewagi z powodu niechęci szlachty do finansowania wojny i udziału w pospolitym ruszeniu. W 1521 roku zawarto czteroletni rozejm. W międzyczasie fala protestanckiej rewolucji, rozpętanej w 1517 roku przez Lutra, dotarła do państwa krzyżackiego i ziem polskich. Pod jej wpływem duża część niemieckojęzycznej ludności, nie wyłączając duchowieństwa i hierarchii porzuciła wiarę katolicką. Erozja wiary dotknęła również Zakon Krzyżacki, którego wielki mistrz spotkał się w 1523 roku z Lutrem. Za jego namową Albrecht porzucił zakonne reguły i zaczął tworzyć pierwsze na świecie państwo luterańskie.
Ta decyzja pozbawiła eks-wielkiego mistrza poparcia papieża i cesarza, którym przez 300 lat cieszył się Zakon. Z kolei sojusz Polski z książętami zachodniopomorskimi, Danią i Meklemburgią odciął Krzyżaków od posiłków z Rzeszy. Polskie elity rozważały wówczas dwa scenariusze. Sekularyzację Zakonu i utworzenie świeckiego dziedzicznego państwa luterańskiego z Albrechtem w roli władcy albo kontynuację wojny do pełnego pokonania Zakonu i jego likwidacji oraz inkorporację Prus Krzyżackich. Wedle tego pomysłu, popieranego przez królową Bonę, krzyżacy zostaliby przeniesieni do Mołdawii, do walki z Turkami.
8 kwietnia 1525 roku podpisano traktat krakowski, który realizował pierwszą koncepcję. Albrecht von Hohenzollern przestał być wielkim mistrzem zsekularyzowanego Zakonu Krzyżackiego i oddawał Prusy Krzyżackie Zygmuntowi Staremu. Polski król, do którego tytulatury dodano imię „księcia pruskiego„, nadawał mu je jako dziedziczne lenno Królestwa Polskiego. Odtąd Albrecht stawał się „księciem w Prusach„, który z łaski polskiego króla rządzi w Księstwie Pruskim. Zobowiązania względem Korony Królestwa Polskiego nie były wielkie: zaledwie 100 jezdnych na wypadek wojny i zwierzchność jurydyczna. Książę otrzymał miejsce w polskim Senacie a prawo dziedziczenia w razie bezpotomności jego linii zyskiwało potomstwo jego braci.
10 kwietnia 1525 roku na rynku w Krakowie odbyła się ceremonia zamykająca 300-letni okres funkcjonowania Zakonu Szpitala Najświętszej Maryi Panny Domu Niemieckiego na ziemiach polskich. Jego ostatni i były mistrz złożył hołd lenny polskiemu królowi, klęcząc przed jego tronem i przysięgając wierność i posłuszeństwo. Wydarzenie odebrano jako wielki sukces w kraju i w Europie. Problem krzyżacki został ostatecznie rozwiązany, niemieckie parcie na wschód zatrzymane a Polska umocniła swoją pozycję nad Bałtykiem.
I tylko profetycznie zatroskana mina Stańczyka na obrazie Matejki stanowi dysonans w optymistycznej kompozycji. Kto mógł wtedy przewidzieć, że polskie błędy doprowadzą do objęcia tronu w Królewcu przez brandenburską linię Hohenzollernów, że Wielki Elektor zdradzi Polskę podczas potopu a jego potomek będzie inicjatorem I rozbioru Polski. Szkoda że nie posłuchano pochodzącej z ojczyzny Makiawellego królowej Bony…
